Idea ta powróciła w 2000 roku, gdy zebrała się grupa osób i instytucji, gotowych pomóc w organizacji biegu. Od 2001 roku rozpoczęły się przygotowania do pierwszego maratonu krakowskiego pod patronatem Prezydenta Miasta Krakowa. Jego organizatorami było Miasto Kraków oraz specjalnie utworzona w tym celu Fundacja „Z biegiem Wisły". Przygotowaniami kierował Komitet Organizacyjny powołany Zarządzeniem Prezydenta Miasta.

 

Cracovia Maraton przyjazny dla niepełnosprawnych
 
Osoby niepełnosprawne startowały w Cracovia Maraton od samego początku. Dotychczasowe edycje krakowskiego maratonu pokazały, że jest to jedna z największych imprez organizowanych w Polsce, jest także największym maratonem pod względem udziału osób niepełnosprawnych. Zawodnicy, którzy przyjeżdżają na Cracovia Maraton, są polską elitą niepełnosprawnych maratończyków na wózkach. Startują na dystansie pełnego maratonu w trzech kategoriach kobiet i mężczyzn:

- Hand Bike (wózek o ręcznym napędzie łańcuchowym),

- Rim Push (wózek sportowy),

- Active Wheelchair (wózek aktywny).

 

Z roku na rok w maratonie pojawia się coraz większa liczba zawodników. W każdej edycji udział bierze Bogdan Król  - najbardziej utytułowany polski maratończyk na wózku. W Cracovia Maraton startują niepełnosprawni zawodnicy z Polski, jak również z zagranicy (m.in. z Czechi Wielkiej Brytanii). W roku 2007 na zaproszenia Prezydenta Miasta Krakowa w maratonie wziął udział pan Richard Traum, Prezes Achilles Track Club ze Stanów Zjednoczonych. Dzięki nawiązanej w 2008 roku współpracy  na zeszłoroczny krakowski maraton przyjechała drużyna Freedom Team, działająca w ramach Achilles Track Club, złożona z niepełnosprawnych maratończyków, którzy są weteranami wojny w Iraku.