Zwiększyła się też powierzchnia przeznaczona dla sponsorów i VIP-ów. Trasa biegu, podobnie jak poprzednio, prowadziła do Nowej Huty i z powrotem do Starego Krakowa. Zrezygnowano jednak z łączenia dystansu półmaratońskiego z maratonem. Na dystansie maratońskim wystartowało ponad 1200 biegaczy oraz ponad 100 zawodników niepełnosprawnych na wózkach i rolkarzy, którzy po raz pierwszy startowali w krakowskiej imprezie. 170 zawodników zagranicznych przyjechało z 28 krajów. Podczas biegu maratońskiego odbył się Mini Maraton im. Piotra Gładkiego, na wiodącej wokół Błoń trasie o długości 4,2 km. Bieg ten ukończyło 160 zawodników i zawodniczek. Imprezami towarzyszącymi Cracovia Maraton były ponownie rozgrywane w Krakowie Mistrzostwa Świata Parlamentarzystów w Maratonie i Półmaratonie oraz tradycyjny Bieg Samorządowy rozgrywany na trawiastej powierzchni Błoń. Oprawą imprezy były tradycyjnie odbywające się od I biegu maratońskiego Długodystansowe Mistrzostwa Małopolski w Żeglarstwie w zakolu Wisły, wzdłuż trasy maratonu, organizowane przez Uczniowski Klub Żeglarski Horn. Wzorowa organizacja V edycji Cracovia Maraton zaowocowała przyznaniem biegowi prestiżowej nagrody „Złoty Bieg" 2006.

V CRACOVIA MARATON – 06.05.2006
MĘŻCZYŹNI	MIEJSCE	IMIĘ I NAZWISKO	KRAJ POCHODZENIA	CZAS
	I	Mathew Kosgei	Kenia	02:17:16
	II	Adam Dobrzyński	Polska	02:17:33
	III	Andriej Gordeev	Białoruś	02:18:16
KOBIETY	MIEJSCE	IMIĘ I NAZWISKO	KRAJ POCHODZENIA	CZAS
	I	Elena Mazovka	Białoruś	02:43:53
	II	Volha Yudenkova	Białoruś	02:44:02
	III	Wioletta Uryga	Polska	02:49:24